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水中的有毒物質對發光細菌的發光強度有抑制作用，該分析儀通過檢測發光細菌的發光強度的變化，通過相關的算法來確定水質毒性的污染等。啟動溫度控制裝置，將暗箱內待測樣品的環境溫度控制在20℃，將儲存發光菌的保溫箱醫用別容器內環境溫度控制在0℃~4℃，將儀器箱體內的環境溫度控制在2℃。將發光菌、緩沖液、清水河污水分別裝入發光細菌保溫箱、緩沖液箱、清洗箱和污水箱，通過導流電磁閘，并按照不同的濃度配比分別向暗箱內的各測試容器次注入發光菌、緩沖液、污水三種液體，當測試容器中三中液體混合均勻后控制光電探測器次測試各個測試容器內強度的變化，將數據儲存、顯示并上傳給上位機。檢測完畢后，放掉測試液體，并向測試容器內注入清水洗滌，以免對下次測量結果產生影響。